| 1428 | 1517 | Heerschappij van de Bourgondiërs |
| 1450 | 1500 | Uitbreiding van de Onze Lieve Vrouwekapel tot de Onze Lieve Vrouwekerk (een kruiskerk) |
| 1500 | | Sint Rochuskapel gesticht |
| 1500 | | Verhuizing van de Pothbroeders naar de Coninckstraat/Pothstraat |
| 1501 | | Besluit stadsregering om de strook (nieuwe) grond van de gedempte binnenste van de twee grachten, te verkopen |
| 1506 | 1555 | Regeerperiode van Karel V (1500-1558) |
| 1513 | | Rodetorenpoort verkocht aan particulieren |
| 1517 | | Het Sticht erkent Karel V als landsheer |
| 1520 | | Schilder Lambert van Oort (ook van Noort genoemd) in Amersfoort geboren († 1571 te Antwerpen) |
| 1520 | | Papenhofstede door stadsbrand verwoest; groot deel stad verwoest |
| 1521 | | Karel V voert de Karolus-gulden in |
| 1523 | | Karel V verleent een bierprivilege aan de stad Amersfoort |
| 1525 | 1526 | Pestepidemie (6e) |
| 1528 | | De Geldersen leggen het klooster “Vredendael” bij Amersfoort in de as |
| 1528 | | Margaretha van Oostenrijk landvoogdes |
| 1528 | | Karel V verstevigt centraal gezag en dwingt Bisschop Hendrik II van Beieren tot alleen geestelijke zaken |
| 1529 | | Broeders moeten het Sint Jansklooster verlaten op verdenking van ketterij |
| 1529 | | Bestrijding van de Lutherij in Amersfoort |
| 1530 | | Mandaatshuisje ongeveer in 1530 gebouwd, verblijfplaats Kapittelheren Sint Joriskerk |
| 1530 | | Mandaatshuisje gebouwd, verblijfplaats Kapittelheren Sint Joriskerk |
| 1532 | | Overstroming in Amersfoort (Allerzielenstorm) |
| 1534 | | Sint Joriskerk heeft huidige vorm van Hallenkerk gekregen |
| 1536 | | Mislukte aanslag op de stad door de Hertog van Gelre (Karel van Egmond) |
| 1536 | | Stadhuisactiviteiten geconcentreerd op de Hof (betreft nieuwbouw van de zetel van de schepenbank, het gerecht) |
| 1539 | | Landvoogdes Maria van Hongarije bezoekt Amersfoort |
| 1540 | | Waag wordt voor het eerst genoemd, mogelijk gevestigd in het eerste stadhuis |
| 1543 | | Spaans Gelre na 1543 |
| 1543 | | Maarten van Rossum in de stad (tot 1543 streed hij voor Gelre, daarna aan de zijde van Karel V) |
| 1544 | | Karel V ontneemt de stad een aantal voorrechten i.v.m. gemak waarmee Maarten van Rossum binnen viel |
| 14 september 1547 | | Johan van Oldenbarnevelt geboren (omgeving van de Kortegracht?) |
| 1547 | | Celzusteren betrekken deel van de Armen de Poth (vandaar aldaar de naam Celzusteren kamer) |
| 1547 | | Overdracht opstallen en grond door Celzusteren aan kloosterlingen van “Mariënhof” uit de Birkt bij Soest |
| 1549 | | Filips (later II) bezoekt, als kroonprins, Amersfoort; Filips volgt in 1555 Karel V op |
| 1550 | | Stichting huis voor arme weeskinderen aan de Cingel (Singel/het huidige ’t Zand) |
| 1550 | | Gilbert van Schoonbeke krijgt octrooi van Karel V voor graven van kanaal van Amersfoort naar de Emmikhuizerberg |
| 1551 | | Een klein aantal Begijnen gaat wonen in het Bagijnhof aan Vijver/Viver, tot 1617 |
| 1552 | | Overstroming in Amersfoort (1552) |
| 1553 | 1558 | Pestepidemie (7e) |
| 1554 | | Einde van de gevangenis onder het stadhuis; de Dieventoren wordt de enige gevangenis van de stad |
| 1555 | | Musicus Joannes Tollius in Amersfoort geboren († ca. 1620 te Kopenhagen) |
| 1555 | | Eem (uit)gegraven van Koppelpoort tot de Melm; voordien overlading van vracht op/van kleine schepen bij de Melm |
| 1555 | | Staking van wevers en vollers |
| 1556 | | Van Oldenbarnevelt woont van 1556-1564 in “Bollenburgh”, Muurhuizen nr. 19ab |
| 1557 | | Amersfoort koopt van koning Filips II een gebied op de Soesterheide |
| 1559 | | Met de bul “Super Universas” voorzag paus Paulus IV in een nieuwe bisschoppelijke indeling van de Nederlanden |
| 1559 | | Sint Elisabeth Gasthuis / Ziekenhuis gesticht; in 1577 door de stad erkend |
| 1560 | | Aanaarden binnenzijde van de stadsmuren |
| 1563 | | Steven van der Hag(h)en geboren in Amersfoort († 1624), zeevaarder, 1603 in dienst VOC |
| 1565 | 1567 | Pestepidemie (8e) |
| 1568 | | Pieter Both geboren in Amersfoort († 1615), eerste Gouverneur-Generaal van Nederlands Indië (1610-1614) |
| 1570 | | Overstroming in Amersfoort (Allerheiligenvloed) |
| 1570 | | Stadsplattegrond gemaakt door Jacob van Deventer (i.o.v. Filips II) |
| 1571 | | Dubbele sluizen in Spui gebouwd (schutten van boten mogelijk geworden) |
| 1572 | | Geuzen bezetten tijdelijk de stad, plundering kerken en beeldenstorm; daarna stad katholiek en aanvaarding Filips II |
| 1573 | | Stichting gasthuis in de Langestraat uit nalatenschap van Wouter, Heer van Blokland en zijn vrouw Johanna Piek |
| 1575 | | “Bollenburgh” door de stad aangekocht, wordt Stads lint- en spinhuis, opgeheven in 1642; thans Muurhuizen nr. 19 |
| 1579 | | Reformatie in Amersfoort (Alteratie/wetsverzetting) |
| 1579 | | Vanaf 1579 Sint Aegtenkapel in gebruik bij gemeente (opslagplaats, pakhuis en tabaksdepot) |
| 1579 | | Unie van Utrecht, een verbond van de voornaamste noordelijke gewesten in de strijd tegen Filips II |
| 1579 | | Einde Sint Jansconvent |
| 1579 | | Stad neemt Observantenklooster over; deel oefenplaats schutterij (Doelen) rest o.a. stadsgeneesheer en glasblazerij |
| 1580 | | Openbare uitoefening van de mis door Rooms Katholieken werd verboden |
| 15 maart 1580 | | Sint Joriskerk komt aan de gereformeerden; College van Regenten beheert namens de stad gebouw en financiën |
| 1581 | | “Plakkaat van Verlatinge”, afzwering van Filips II door de Staten Generaal der opstandige Nederlandse gewesten |
| 1582 | | Overstroming in Amersfoort (1582) |
| 1582 | | Gregoriaanse tijdrekening wordt ingevoerd; voor die tijd gold (in “Europa”) de Juliaanse tijdrekening |
| 1582 | | Bank van Leening of lommerd voor het eerst genoemd |
| 1586 | 1587 | Engelse Kerkhof op hoek van Sint Agathastraat en Singel, aan de zijde van het Sint Aegtenklooster |
| 1587 | | Accijnsmeestershuisje in de Langestraat tegen de Sint Joriskerk gebouwd |
| 1594 | | Vergraven van singel van de dubbele gracht en start aanleg van drie grote en zeven kleine bastions |
| 1594 | | Aanpassing vesting door Adriaen van Alckmaer |
| 1595 | | Wateroverlast door breuk in de Grebbedijk |
| 1597 | 1605 | Pestepidemie (9e) |